Vamos a centrarnos en cómo la dieta influye sobre la composición de la microbiota. Las bacterias, como todos los seres vivos, necesitan nutrientes como fuente de energía.

Dependiendo de la especie bacteriana, el sustrato energético es diferente. Según la composición de la microbiota, se distinguen 3 enterotipos diferentes:

El enterotipo I es en el que predominan los Bacteroides. Se suele asociar a la alimentación típica de zonas urbanas, con mayor cantidad de proteínas y grasas animales.En el enterotipo II predomina la Prevotella y es más frecuente entre los habitantes de las zonas rurales, en las que la alimentación se basa más en productos vegetales.Existe un tercer enterotipo, más frecuente en la población general, en el que predominan los Ruminococos.

Los cambios en la dieta, incluso a corto plazo, pueden inducir cambios en la composición de la microbiota. Las dietas ricas en proteínas y grasas animales, con una baja ingesta de fibra, disminuyen la cantidad de Firmicutes. Por su parte, el consumo de verduras, frutas y fibra dietética en general, aumenta su población.

Según los estudios publicados el consumo habitual de grasas produce un desequilibrio del ecosistema intestinal. Esto propicia un ambiente proinflamatorio y alteraciones en la permeabilidad de la mucosa intestinal. Esto supone un aumento de la absorción de lipopolisacáridos y un estado de endotoxemia con activación de receptores tipo Toll, especialmente el TLR4.

Ello conlleva alteraciones en la respuesta inmunitaria. Además, los metabolitos que se generan por la utilización de los aminoácidos como sustrato por parte de las células intestinales, como indoles, fenoles o aminas, pueden combinarse con el óxido nítrico formando compuestos que se han relacionado con la aparición de cáncer de colon.

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